先导药业的前身是上海创新药物联合实验室。该实验室创立于2000年12月，由中国科学院上海药物研究所新药发现与设计中心（DDDC）、上海复旦张江生物医药股份有限公司和上海市医药股份有限公司共同投资组建。2002年11月上海市科技投资公司注资加盟，正式注册成立上海先导药业有限公司。
创新药物联合实验室在两年的运作过程中，通过计算机辅助药物设计技术开发的主要成果包括以下几个潜在的创新药物：Ⅲ型抗心律失常药钾通道抑制剂、选择性环氧化酶-2（COX-2）抑制剂、PPARγ受体激动剂。
先导药业正式成立至今，在积极推进已有项目的基础上，不断开拓新的业务领域，在专利化学药、中药及天然产物、生物学药物开发方面都有新的发展和定位。
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